Le nom de N gouja viendrait du kiswahili pour dire « escale ». Le nom du site aurait été donné par les Arabes qui venaient sur l île et faisaient escale sur cette plage, sûrement avant le 14è siècle. C est aussi l’ancien nom de Zanzibar. Peu avant le XIX siècle, les premiers « kaniens » (Kani keli et Kani be) auraient été installés sur la plage de Ngouja ou l on voit, en effet, des traces d implantation ancienne- et s’y seraient disputés en raison de l’exiguïté du site, de la rareté du manioc et des songes et peut-être aussi de l absence de source d’eau permanente. Ils s installèrent ensuite aux 2 villages que l on connaît maintenant . N gouja serait alors devenu un village Tobé (récolte). Des notables de Mayotte dont Jean Francois Hory, Adrien Giraud et Younoussa Bamana reprirent le site et commencèrent les travaux en Août 1977 pour un village de villégiature. Ils ouvrirent en Juillet 1978, avec 8 bungalows, en l’absence de route, le voyage se faisait par pirogue au départ de Sada.
Peu avant 1984, un skipper nommé Joachim Berndt arrive d’Afrique du sud en voilier. Une panne bloque le voilier sur le site. Le cyclone de 1984 coule le voilier de 16m de long sur une profondeur de 20 mètres, au tombant de N’gouja. Depuis ce jour, Joachim est toujours au Jardin Maoré en tant que pilote bateau, et son épave offre de magnifique plongée de nuit. Pierre Stefanica, le propietaire actuel, racheta la Jardin Maoré en Avril 2000 avec comme associé Frédéric Bourgeois et Bruno Fichou. Ils entamment depuis des grands travaux de rénovation et de mise aux normes. Les 18 bungalows et le site ont gardé un esprit traditionnel et local. On raconte que le nombre de tortues marines aurait fortement augmenté depuis la construction du Jardin Maoré. Les scientifiques n expliquent pas encore ce phénomène illogique, car pour eux la présence des touristes devraient plutôt faire fuir les tortues. En 2001, par arrêté préfectoral, le site est déclaré zone de protection, qui interdit toute pêche et navigation sur l herbier. Une des 3 zones delimitée, est déclarée "zone de quiétude pour les tortues", seuls les scientifiques peuvent s y rendre.
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